Еще в 1993 г. Футболом в Каунасе занялись несколько коммерческих фирм, при поддержке которых был создан футбольный и бейсбольный клуб, получивший название в честь города - Каунас. На первую тренировку футболисты Каунаса собрались 1993 12 27. В команде на тот момент было большинство игроков переставшего существовать футбольного клуба Банга (волна). Банга - титулованный литовский клуб, постоянный участник высшего дивизиона Литвы с 1967 года, пользовавшийся значительной поддержкой среди болельщиков. Каунас стал продолжателем традиций этого спортивного клуба.

Для того, чтобы утвердиться среди сильнейших, потребовалось несколько лет упорных тренировок и серьезных матчей. Команда понемногу пополнилась рядом новых игроков, тренеров. В ряды клуба удалось привлечь немало талантливых футболистов, которые внесли свой вклад, как в развитие клуба, так и в выступления национальной сборной.

Каунас закончил чемпионат 93-94 на шестом месте, в 94-95 был пятым, в 95-96 - четвертым. Благодаря этим успехам федерация футбола Литвы предоставила команде право участие в международном турнире Интертото-96. Каунас, хоть и проиграл таким известным европейским клубам, как "Lillestrom" (Норвегия), "Heerenveen" (Голландия) ir "Nant" (Франция), но, победив дома ирландский клуб "Sligo Rovers" - занял в своей группе 4е место. УЕФА Интертото-96 организационный комитет положительно отозвался об организации игр этого турнира в Каунасе. На следующий год Каунас вновь выступал в Интертото турнире. На сей раз с минимальным результатом уступили известным клубам "Hamburger SV" (Германия) и "Samsunspor" (Турция), был побежден исландский "Leiftur" и ничья с даткским "Odensis". В результате - третье место в группе, что имело положительный отклик в спортивной литовской общественности, прессе и мнении футбольной федерации Литвы.

В сезоне 98-99 Каунас выиграл кубок Литвы, а в сезонах 99-00, 00-01, 01-02 команда становилась чемпионом национального первенства, тем самым получая право представлять Литву в Лиге Чемпионов.

В сезоне 99-00 Каунас принял участие в кубке УЕФА, проиграв в первом туре Маккаби (Тель-Авив) (2:1;1:3) и не пройдя в следующий этап турнира.

На следующий год команда дебютировала в самом престижном европейском турнире клубных команд - Лиге чемпионов УЕФА. Дебют удался - одержана победа над боснийским FK"Brotnjo" 4:0 и, несмотря на поражение в гостях 0:3, первый этап был преодолен. Во втором этапе Каунас ожидала встреча с знаменитейшим шотландским Глазго Рейнджерс. Дома - нулевая ничья, но в гостях не удалось сопротивляться всю игру, во второй половине шотландцы сломили сопротивление литовской команды, и Каунас уступил 1:4. Несмотря на это поражение, игра клуба вызвала живой интерес в Европе, многие европейские спортивные телеканалы транслировали эпизоды игры с Глазго и не жалели похвалы молодому литовскому клубу.

В сезоне 2001 не повезло в игре с македонским "Sloga Jugomagnat" - после нулевой ничьей на выезде дома команды сыграли 1:1 и этот результат устраивал македонцев.

В сезоне 2002 в первом этапе Лиги чемпионов Каунас после серьезной борьбы уступил чемпиону Албании "Dinamo" Тирана [2:3, 0:0].

В 2003 команда снова дошла до второго квалификационного этапа. В первом на выезде 1:0 и дома 4:1 побежден чемпион Фарерских островов Toshavn HB. Во втором этапе Каунас снова ждал шотландский клуб - на сей раз Селтик. В домашней игре игроки Каунаса, очевидно, нервничали и уступили со счетом 0:4. На выезде команда проиграла со счетом 0:1, досадный гол в свои ворота забил защитник Каунаса, а в конце игры М.Каралюс сравнял счет, но, по мнению арбитра, гол был забит из вне игры.

Пять раз подряд - 1999-2003 гг. Каунас участвовал в кубке Содружества - в котором ежегодно встречаются бывшие клубы СССР. В 1999 и 2002 годах Каунас доходил до полуфинала, в котором уступал московскому Спартаку.

Нужно отметить, что футбольный клуб Каунас - первая в истории города Каунаса команда, которая выступала в таких турнирах как Интертото и Лига чемпионов. Футболисты клуба обратили на себя внимание своим профессионализмом и техникой игры. Матчи показали, что Каунас может выступать наравне с известными клубами Европы. Участие в этих турнирах принесло много пользы игрокам и тренерам Каунаса. Получив большой опыт международных игр, команда смогла с успехом выступать в играх чемпионата и кубка страны.

Игроки Каунаса в составе национальных сборных Литвы:
В национальную сборную страны призывались такие игроки как:
Н.Микнявичюс, О.Буйткус, Г.Жутаутас, Д.Гвильдис, Г.Падиманскас, И.Дедура. Сейчас в составе сборной играют Э.Курскис, Г.Падиманскас, Т.Канчельскис, А.Величка, М.Безыкорновас, И. Зельмикас, В.Петренко.

В олимийской команде играли:
А.Кшанавичюс, В.Рукавичюс, А.Лауришас, М.Цикас, М.Самусевас, И.Дедура, И. Зельмикас, А.Пуоткалис и другие.

В 1996 году национальная сборная Литвы играла товарищеский матч с многократными чемпионами мира - сборной Бразилии в гостях. В этой встрече приняли участие пять футболистов Каунаса, а единственным футболистом Литвы, который когда-либо забивал мяч в ворота бразильской сборной стал полузащитник Каунаса О.Буйткус.

Футболисты Каунаса имеют репутацию техничных и умных игроков, а тренеры пропагандируют эффектный, комбинационный стиль игры..